北医三院拥有18个北京市住院医师规范化培训专业基地、2个国家卫生健康委员会专科医师规范化培训基地、2个北京市住院医师规范化培训技能考核中心。作为北京大学临床医学院，每年有近800名医学生、350余名博士生、硕士生在此学习。同时，还承担着1500余名进修医生和近400名北京市住院医师规范化培训任务。每年110个和北京市级继续教育项目吸引了全国各地1.1万名学员。
北医三院为完成单位，乔杰院士团队牵头的“配子胚胎发育研究与生育力改善新方法的应用”研究荣获2017年国家科技进步奖二等奖，“生殖细胞发育的表观遗传调控机制及体外干预方法研究”项目，荣获2018年中华医学科技一等奖；骨科刘忠军教授团队牵头的“3D打印钛合金骨科植入物的临床应用与关键技术研究”荣获2018年北京市科学技术奖一等奖。
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胃镜检查是利用一条直径约一公分的黑色塑胶包裹导光纤维的细长管子，前端装有内视镜由嘴中伸入受检者的食道→胃→十二指肠，藉由光源器所发出之强光，经由导光纤维可使光转弯，让医师从另一端清楚地观察上消化道内各部位的健康状况 [3]。必要时，可由胃镜上的小洞伸入夹子做切片检查。全程检查时间约10分钟，若做切片检查，则需20至30分钟。