令狐恩强从事消化病及消化内镜研究、临床、教学及保健工作，紧贴临床一线进行技术与理论创新。他提出的疾病分类、分型，被多个学会采纳写入指南。他定名和完善的消化内镜隧道技术，打破了传统内科和外科的界限，将一些原本由外科手术治 疗的疾病转为内窥镜下，且创伤极小、术后恢复快、费用低、疗效显著；他在消化管道深部脏器损伤治 疗方面处于世界领 先水平。
令狐恩强为中国逆行胰胆管造影（ERCP）规范的出台做出了积极的贡献，为中国消化道早癌的内镜下技术的完善与普及做了大量工作，为中国的内镜下早癌切除跻身世界先进行列做出了积极的贡献。
令狐恩强是一位患者可以生死相托的临床好医生，他的爱心里有着对患者感同身受的体贴，似乎有着当一名临床好医生的先天条件，他也是一位临床研究成果颇丰的医生。
北京301医院消化科令狐恩强擅长消化内镜的诊断与治 疗:除常规的胃肠镜诊断与治 疗外,在以下方面具有丰富的内镜诊治经验:(1)食管良性狭窄、食管癌:(2)食管胃底静脉曲张的硬化剂、套扎器、组织胶注射治 疗;(3)内镜下胰胆管疾病的诊治:胆管结石、胆管癌、胰腺癌、胰腺炎、内镜下胰胆管腔内超声、经皮经肝穿刺与内镜下对接治 疗恶性胆管狭窄、十二指肠乳头肿瘤内镜下切除术等胰胆管疾病的内镜下诊治:(4)贲门折叠术治 疗胃食管反流病。