在功能分区上，综合来说主工艺流要根据工艺步骤和各工序的物特点进行功能分区，如细胞库区、工艺细胞库配置区、种子库、工作种子库制备区、原液区、纯化区，包装区等，并且要考虑不同的洁净级别，也是考虑不同的洁净级别区域划分布置的问题，还有就是产品有/性、细胞活性/非细胞活性、灭活/非灭活等情形进行一下分区。
再说各功能间的布置，空间应充足，便于操作，单位操作应充分考虑设备操作范围、物料流转、人员操作的便利性及必要的暂存区域。尤其是在房间内有多台设备时，各操作应互相不受影响。对于一些大型设备房间还应考虑楼板承重的问题。
①温度和湿度
根据药品生产要求，并保证药品的生产环境和操作人员的舒适感。A级和B级洁净区
温度20～24C，相对湿度45%～60%。有的工艺和产品有特殊要求，如粉剂产品有吸湿性，CEIDI西递降低相对湿度控制值；生物制品的质量受温度影响较大，对温度实施严格限定。
②静压差
洁净区与非洁净区之间、不同级别洁净区之间的压差不低于10帕斯卡。相同洁净度级别的不同功能区域(操作间)之间也保持适当的压差梯度，并设有指示压差的装置。洁净室(区)的空气维持一定的正压。易产生粉尘的生产区域，如固体口服制剂的配料、制粒、压片等工序的洁净室(区)的空气压力，与其相邻的室(区)保持相对负压。