土壤有益微生物是取决于土壤肥力水平的重要标志之一，土壤中许多物质和能量转化成过程都必不可少土壤微生物，如有机质的矿化过程、豆科植物的固氮过程，都与土壤微生物的起到有关。,施用有机肥料时，(1)不断补充被消耗的有机肥料。单靠化学肥料，不要几年，土壤结构就遭到破坏而板结。(2)不断提高土壤有机质含量。我国大部分地区土壤有机质含量都比较低，除东北黑土地区有机质含量较高，可达到2.5%～7.5%外，像华北、西北地区大部分低于1%，华中、华南一带水田有机质含量稍高，达1.5%～3.5%。此外，旱地地区很少能达到2%以上的，其中耕地有机质含量0.5%以下的，还占我国现有耕地面积的10.6%。(3)不断更新土壤有机质。有机肥料转化为土壤有机质约占土壤有机质年形成量的三分之二，可见要补充有机肥料才能不断更新土壤有机质。,不断提高土壤有机质含量。我国大部分地区土壤有机质含量都比较低，除东北黑土地区有机质含量较高，可达到2.5%～7.5%外，像华北、西北地区大部分低于1%，华中、华南一带水田有机质含量稍高，达1.5%～3.5%。,有机肥料富含作物生长所需养分，能源源不断地供给作物生长。除矿质养分以外，有机质在土壤中分解产生二氧化碳，可作为作物光合作用的原料，有利于作物产量提高。