水族缸中常出现的藻类有三类：蓝藻、绿藻和黄绿藻。绿藻更是淡水水族缸中常见的藻类，而且种类极多，大多为丝状。其及为耐阴，只要有一点光线即能生存。
虽然有不少去除水藻的方法，但尚无一种完美的方法，仍然是“预防为主，其次，综合运用”的治藻方法。如果您的鱼缸是一只没有栽植大量水草的裸缸，清除藻类的方法就较简单：
1鱼缸不要让阳光直射.
2控制鱼只蜜度，适当减少鱼的数量.
3减少鱼饵的投放量.
4勤换水，但一次换水量不宜过多.
5将附在缸壁上的污垢及时清理掉.
6加强鱼缸的过滤系统，使之更有效率
要维护大型鱼缸生态系统，首要的是明确自己的大型鱼缸缺少哪些关键元素，安置的元素之间的比例是否适当。缺少的元素越少，各元素的比例越接近自然条件，所需的维护工作也越少；反之，就要花费较多的力气了。
市场有些劣质饵料，为增加卖相会加入色素，喂用时饵料中的色素溶入水里，就使水变为色，如出现此情况就应更换饵料才能沏底解决。
水草也是净化水体的好帮手，应该尽量多养水草，使整个水族缸变成一个小小的生态乐园，水体自然就变得十分清澈。
在缸中投放清道夫和食苔虾，它们能清除附着在缸壁上的污垢和藻类，使缸壁清晰。
有时候我们会看到水面上有一层薄薄的膜状物。鱼友们俗称为“油膜”，这也是水垢的一种，它实际是水中析出的蛋白类有机物质。解决这层油膜有多种方式：
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1、一般采用溢流方式过滤的大型鱼缸，都会在水面处开一个溢流口，直接将油膜导入过滤系统中过滤分解。
2、采用上滤、瀑布等方式过滤的小缸，可以在水面添加一个入水口，直接吸取油膜，动手能力不强的的话，水族店里和淘宝网上有成品，叫除油膜器。但这种除油膜器不建议使用在过滤桶上，因为其可能导致过滤桶内吸入大量空气，干扰水泵正常工作，甚至烧泵。
3、太小的缸，或没有条件添加除油膜硬件，可以放一些“黑玛莉”，这种上层鱼，总是在水面上找食物，同时吞食油膜。也可以定期用一个小杯子压入水中，杯口贴近水面，让水面的水溢流到杯中，手工清除油膜。